Insegnamento
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Lingua
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119641 -
PROGRAMMAZIONE
(obiettivi)
Il corso si propone di fornire concetti di base della programmazione nei linguaggi Python ed R, nonchè dell’introduzione all’ambiente Linux, in cui tali linguaggi possono essere utilizzati per sviluppare programmi per l’analisi e la gestione di enormi moli di dati biologici. La capacità di lavoro in ambiente Linux e di sviluppo di programmi in Python ed R è considerata, nella comunità scientifica, un bagaglio indispensabile di conoscenze per: • supportare lo studio e la ricerca nel campo delle scienze biomediche; • affrontare e gestire l’analisi di enormi moli di dati biologici provenienti dalle attuali piattaforme sperimentali di tipo “High throughput”; • acquisire gli strumenti per la modellazione dei big data biologici. • acquisire competenze di calcolo HPC (High-Performance-Computing) per analisi di problemi biologici non risolvibili su risorse di calcolo standard.
RISULTATI DI APPRENDIMENTO ATTESI:
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE. Al termine dell’attività formativa lo studente sarà in grado di applicare le proprie conoscenze per progettare e sviluppare pipeline di analisi dei big data biologici in Python o in R in ambiente di calcolo linux sia su singolo nodo server sia su un cluster multinodo (HPC).
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE. Le conoscenze acquisite dagli studenti saranno utili per poter analizzare e manipolare i big data biologici allo scopo di comprendere e modellare i meccanismi molecolari contenuti nei dati stessi.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO. Gli studenti dovranno essere in grado di interpretare criticamente i risultati ottenuti attraverso lo sviluppo e l’esecuzione dei programmi discussi a lezione, nonché scegliere il linguaggio di programmazione più adatto per perseguire un determinato obiettivo.
ABILITA’ COMUNICATIVE. Gli studenti dovranno avere la capacità di trasmettere le conoscenze acquisite in modo chiaro e comprensibile, ad esempio associando ad ogni programma sviluppato uno pseudo-codice, e dovranno dimostrare l’abilità di presentare i programmi ad utenti esterni attraverso della documentazione dettagliata.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO. Gli studenti dovranno essere in grado di descrivere gli argomenti fondamentali della Programmazione, in forma orale. Tale abilità verrà sviluppata mediante il coinvolgimento attivo attraverso discussioni orali in aula ed esercitazioni svolte nell’ aula informatica su temi specifici inerenti il corso.
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CASTRIGNANO TIZIANA
( programma)
Il seguente corso e’ incentrato sullo studio delle tecnologie necessarie per trasformare e manipolare dati biologici. In particolare è focalizzato sugli strumenti che permettono l’analisi di grandi set di dati di sequenziamento con lo scopo di ottenere risultati biologici riproducibili e robusti. Per questo motivo 2 crediti del corso sono dedicati all'introduzione dell’ambiente linux e degli strumenti con esso inclusi per la manipolazione dei dati. I secondi 2 crediti del corso sono dedicati ai fondamenti della programmazione illustrati mediante il linguaggio python ed applicati all'analisi delle sequenze. Gli ultimi 2 crediti sono dedicati all’introduzione alla programmazione in R. Si tratta di un linguaggio di programmazione e un ambiente di sviluppo specifico per l'analisi statistica dei dati.
Linux: - Impostazione e gestione di un progetto di bioinformatica in ambiente linux - Directory di progetto e strutture di directory - Perché utilizziamo Linux in bioinformatica? Modularità e la filosofia di Linux - Le variabili d’ambiente - Lavorare con i flussi e il reindirizzamento - Gestire e interagire con i processi - Lavorare con macchine remote - Recupero di dati bioinformatici - Compressione dei dati e utilizzo dei dati compressi - Quando utilizzare le pipeline unix - Ispezionare e manipolare dei dati con gli strumenti linux - Un'introduzione agli intervalli genomici - Lavorare con i dati di sequenza - Script di base di Bash - Script di bash in ambito HPC (High-Performance-Computing)
Python: Operazioni preliminari - Installazione di Python - Illustrazione delle librerie Biopython Manipolazione dei dati - Operatori aritmetici - Tipi di dati (numerici, booleani, set, dizionari, sequenze) - Variabili, espressioni, istruzioni - Istruzioni di controllo (if, while, for, break, continue) - Le funzioni - Le librerie biopython
R: Operazioni preliminari - Installazione di R - Illustrazione dell'interfaccia di R e di RStudio - Directory di lavoro, script e console Manipolazione dei dati - Creazione e importazione di dati - Classi di dati - Utilizzo e creazione di funzioni - Grafici: scatterplot, boxplot, barplot Metodi statistici per l'analisi dei dati - Cenni di statistica: variabili aleatorie, distribuzioni di probabilità, test di ipotesi - Test statistici in ambiente R: correlazioni, t-test, test del chi-quadro - Modelli di regressione lineare
( testi)
Testo suggerito per Linux: verrà fornito del materiale didattico dal docente.
Testo suggerito per Python: Allen Downey - “Pensare in Python”. Casa editrice O’REILLY.
Testo suggerito per R: verrà fornito del materiale didattico dal docente.
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INF/01
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Attività formative affini ed integrative
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ITA |
17461 -
PROTEOMICA E METABOLOMICA
(obiettivi)
Il corso intende fornire le basi teoriche della proteomica, dell’interattomica e della matabolomica quali discipline scientifiche rilevanti capaci di fornire utili informazioni strutturali e dinamiche riguardo al proteoma e al metaboloma. Il corso introdurrà gli studenti ai principi e agli approcci sperimentali, gli obiettivi formativi verranno raggiunti presentando agli studenti lo stato dell'innovazione nel settore specifico con una sostanziale presenza nei laboratori. Particolare attenzione sarà dedicata allo studio delle tecniche di spettrometria di massa per l’identificazione delle proteine, metaboliti e delle alterazioni dell’espressione proteica, consentendo pertanto di poter far luce sulla complessità biologica di un tessuto allo scopo di differenziare/identificare uno stato patologico da quello fisiologico. RISULTATI DI APPRENDIMENTO ATTESI 1) Conoscenza e capacità di comprensione. Lo studente dovrà sviluppare la conoscenza dei principi di proteomica e di metabolomica. indispensabili per le analisi sperimentali e l'interpretazione dei risultati nel campo delle discipline biochimiche e biologiche molecolari. 2) Conoscenza e capacità di comprensione applicata. Lo studente verrà inoltre introdotto alla conoscenza delle principali classi di piccole molecole biologiche e metaboliti ed apprenderà le vie metaboliche di base attraverso cui queste molecole vengono degradate e sintetizzate. Avrà conoscenza dei principali metodi si separazione (2Dgel, HPLC) on line con spettrometri di massa ORBITRAP-MS\MS e avrà modo di utilizzare programmi bioinformatici per l’analisi dei dati, quali database di metaboliti e di sequenze per l'identificazione di proteine (MAVEN, SEQUEST, MASCOT, LIPID SEARCH, LIPID GATWAY, e METABOANALYST). 3) Autonomia di giudizio. Gli studenti saranno in grado di effettuare autonomamente osservazioni ed esperimenti nel settore della proteomica o metabolomica, inoltre avranno capacità di ragionamento critico e di valutazione dei dati per razionalizzarli in un modello interpretativo. 4) Abilità comunicative. Gli studenti saranno in grado di lavorare in gruppo e di comunicare in modo chiaro le proprie conoscenze o i risultati della propria ricerca. 5) Capacità di apprendere. Gli studenti dovranno apprendere in modo autonomo attingendo a testi avanzati in lingua italiana ed inglese che saranno forniti durante l'anno inoltre saranno in grado di eseguire ricerche bibliografiche anche di livello avanzato, selezionando gli argomenti rilevanti di proteomica e metabolomica.
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TIMPERIO Anna Maria
( programma)
PROGRAMMA
PROTEOMICA E METABOLOMICA PROTEOMICA: Che cos'è la proteomica? Relazione tra la proteomica e le altre scienze post-genomiche Preparazione del campione per l'analisi dell'espressione proteica Analisi dell’espressione proteica mediante tecniche elettroforetiche Analisi dell’espressione proteica mediante tecniche cromatografiche Analisi quantitativa dell'espressione proteica Statistica: Programmi e siti web per l’identificazione delle proteine Frazionamento subcellulare Immunoprecipitazione Modifiche post-traduzionali Le tecniche utilizzate in proteomica: Elettroforesi bidimensionale Altre tecniche elettroforetiche Cromatografia di peptidi e proteine Spettrometria di massa Distribuzione topografica delle proteine: MALDI imaging L’impronta digitale: MALDI profiling L'impronta chimica: Metabolomica METABOLOMICA Definizione di metabolomica Workflow Untargeted metabolomica Preparazione del campione e metodi di indagine Analisi dei dati utilizzando “MAVEN” Targeted metabolomica Lipidomica: preparazione del campione Anaisi dei dati utilizzando “Lipid search”
Titolare del corso: Anna Maria Timperio
( testi)
Le diapositive in power point mostrate a lezione dal docente verranno fornite in formato PDF. I libri o gli articoli in rivista da cui sono tratti alcuni argomenti specifici verranno indicati dal docente nel corso della lezione. T. Ajberio, M. Fasano, P. Roncada "PROTEOMICA" EdiSES; I. Lavagnini, F. Magno, R. Seraglia e P. Traldi "Quantitative Applications of Mass Spectrometry (English Edition)" WILEY.
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BIO/11
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Attività formative caratterizzanti
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ITA |
119643 -
BIOCHIMICA CELLULARE E TECNICHE BIOMOLECOLARI
(obiettivi)
L’insegnamento di BIOCHIMICA CELLULARE (MODULO A) E TECNICHE BIOMOLECOLARI (MODULO B) intende fornire agli studenti (i) conoscenze teoriche nell’ambito della biochimica cellulare, approfondendo i meccanismi che regolano il ciclo cellulare negli eucarioti, (ii) conoscenze teorico-pratiche in ingegneria proteica e conoscenze teorico-pratiche nell’ambito delle principali tecniche di biochimica e biologia molecolare applicate allo studio di geni e genomi, proteine e proteomi. Verranno affrontati approcci sperimentali, avvalendosi anche del supporto della bioinformatica, per affrontare temi complessi della biochimica e della biologia molecolare. Nel dettaglio, per il MODULO A gli obiettivi riguardano: 1) approfondimento dei meccanismi biochimici e molecolari del controllo del ciclo cellulare negli eucarioti con particolare riguardo agli approcci sperimentali utilizzati per la sua delucidazione; 2) trasferire agli studenti elementi di ingegneria proteica che consentano la progettazione in silico di proteine ricombinanti attraverso tools bioinformatici, e in seguito, la loro espressione e purificazione utilizzando sia organismi procariotici che eucariotici. Questa ultima parte del corso prevede esercitazioni in laboratorio riguardanti il clonaggio di un gene eucariotico e la sua espressione in batteri. Per il MODULO B gli obiettivi riguardano: Trasferire agli studenti competenze specifiche per la manipolazione di acidi nucleici e proteine e la relativa analisi (tecniche di mutagenesi e genome editing, proteomica differenziale), per l'analisi dei livelli di espressione genica (qPCR, microarrays, trascrittomica differenziale) e della regolazione dell’espressione dei geni (studio delle modifiche epigenetiche e delle interazioni proteina-DNA), per lo studio dei pathways metabolici mediante l’analisi delle interazioni proteina-proteina. Saranno inoltre illustrati gli avanzamenti nel campo del sequenziamento di interi genomi e l’applicazione delle tecniche biomolecolari in ambito medico-diagnostico. Verranno utilizzati tools bioinformatici per predizioni in silico di interazione fra biomolecole, o come complementari per l’utilizzo delle tecniche trattate (per preparazioni di input o analisi di output). Sono infine previste esercitazioni di laboratorio riguardanti tecniche per lo studio di acidi nucleici e proteine.
b) RISULTATI DI APPRENDIMENTO ATTESI 1) Conoscenza e capacità di comprensione: Al termine del corso gli studenti dovranno: MODULO A: Avere conoscenza approfondita delle basi biochimiche e molecolari del controllo del ciclo cellulare negli eucarioti. Inoltre avranno appreso le tecniche in silico e sperimentali principali per la progettazione ed espressione di proteine ricombinanti in sistemi eterologhi. In generale avranno sviluppato la capacità di comprendere gli approcci sperimentali fondamentali per il conseguimento delle conoscenze. MODULO B: Avere conoscenza approfondita dei principi alla base delle tecniche biomolecolari impiegate nel campo della ricerca di base e nelle indagini medico-diagnostiche; conosceranno approfonditamente le tecniche molecolari e avanzate e i relativi tools bioinformatici di supporto ad esse; conosceranno l’importanza della validazione statistica dei risultati di un esperimento e dei controlli che rendono un esperimento scientificamente affidabile. 2) Conoscenza e capacità di comprensione applicate Al termine del corso gli studenti: MODULO A: Saranno stimolati ad utilizzare le conoscenze acquisite per la loro applicazione a problemi specifici, come la progettazione di nuove proteine con attività potenziata e/o più selettiva da utilizzare in vari campi di interesse (biomedico, agroalimentare etc.); saranno in grado di mettere in pratica le conoscenze acquisite per eseguire gli esperimenti pianificati durante le esercitazioni pratiche. MODULO B: Saranno in grado di utilizzare le conoscenze acquisite per valutare ed interpretare i risultati di un esperimento, individuarne le criticità e ottimizzarlo valutando il possibile impatto delle variazioni dei parametri in gioco; saranno in grado di orientarsi fra le principali metodologie qualitative e quantitative, per selezionare quella più idonea allo studio del problema biologico in esame; sapranno svolgere a livello pratico gli esperimenti affrontati durante le esercitazioni. 3) Autonomia di giudizio MODULO A e MODULO B: Gli studenti dovranno essere in grado di interpretare e discutere i lavori scientifici presentati durante il corso ed essere in grado di progettare ed esprimere nuove proteine con caratteristiche differenti. Gli studenti dovranno acquisire la capacità di comprendere e discutere criticamente i risultati sperimentali ottenuti in laboratorio ed utilizzarli come base di partenza per la pianificazione degli esperimenti successivi. 4) Abilità comunicative MODULO A: Durante le lezioni gli studenti saranno stimolati alla discussione e al confronto delle opinioni per sviluppare anche le loro abilità comunicative che saranno verificate in occasione delle prove di verifica in itinere e degli esami al termine delle attività formative. MODULO B: Gli studenti dovranno avere la capacità di trasmettere le conoscenze acquisite in modo chiaro e comprensibile, anche a persone non competenti, e dovranno dimostrare l’abilità di presentare l’informazione anche con schemi e formule. 5) Capacità di apprendere MODULO A e MODULO B: Gli studenti dovranno essere in grado di descrivere temi scientifici inerenti il corso. Tale abilità verrà sviluppata mediante il coinvolgimento attivo degli studenti attraverso discussioni orali in aula ed esperienze pratiche durante le ore dedicate alle esercitazioni pratiche.
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BIOCHIMICA CELLULARE
(obiettivi)
L’insegnamento di BIOCHIMICA CELLULARE (MODULO A) E TECNICHE BIOMOLECOLARI (MODULO B) intende fornire agli studenti (i) conoscenze teoriche nell’ambito della biochimica cellulare, approfondendo i meccanismi che regolano il ciclo cellulare negli eucarioti, (ii) conoscenze teorico-pratiche in ingegneria proteica e conoscenze teorico-pratiche nell’ambito delle principali tecniche di biochimica e biologia molecolare applicate allo studio di geni e genomi, proteine e proteomi. Verranno affrontati approcci sperimentali, avvalendosi anche del supporto della bioinformatica, per affrontare temi complessi della biochimica e della biologia molecolare. Nel dettaglio, per il MODULO A gli obiettivi riguardano: 1) approfondimento dei meccanismi biochimici e molecolari del controllo del ciclo cellulare negli eucarioti con particolare riguardo agli approcci sperimentali utilizzati per la sua delucidazione; 2) trasferire agli studenti elementi di ingegneria proteica che consentano la progettazione in silico di proteine ricombinanti attraverso tools bioinformatici, e in seguito, la loro espressione e purificazione utilizzando sia organismi procariotici che eucariotici. Questa ultima parte del corso prevede esercitazioni in laboratorio riguardanti il clonaggio di un gene eucariotico e la sua espressione in batteri.
b) RISULTATI DI APPRENDIMENTO ATTESI
1) Conoscenza e capacità di comprensione: Al termine del corso gli studenti dovranno: MODULO A: Avere conoscenza approfondita delle basi biochimiche e molecolari del controllo del ciclo cellulare negli eucarioti. Inoltre avranno appreso le tecniche principali sia in silico che sperimentali per la progettazione ed espressione di proteine ricombinanti in sistemi eterologhi. In generale avranno sviluppato la capacità di comprendere gli approcci sperimentali fondamentali per il conseguimento delle conoscenze.
2) Conoscenza e capacità di comprensione applicate Al termine del corso gli studenti: MODULO A: Saranno stimolati ad utilizzare le conoscenze acquisite per la loro applicazione a problemi specifici, come la progettazione di nuove proteine con attività potenziata e/o più selettiva da utilizzare in vari campi di interesse (biomedico, agroalimentare etc.); saranno in grado di mettere in pratica le conoscenze acquisite per eseguire gli esperimenti pianificati durante le esercitazioni pratiche.
3) Autonomia di giudizio MODULO A: Gli studenti dovranno essere in grado di interpretare e discutere i lavori scientifici presentati durante il corso ed essere in grado di progettare ed esprimere nuove proteine con caratteristiche differenti. Gli studenti dovranno acquisire la capacità di comprendere e discutere criticamente i risultati sperimentali ottenuti in laboratorio ed utilizzarli come base di partenza per la pianificazione degli esperimenti successivi.
4) Abilità comunicative MODULO A: Durante le lezioni gli studenti saranno stimolati alla discussione e al confronto delle opinioni per sviluppare anche le loro abilità comunicative che saranno verificate in occasione delle prove di verifica in itinere e degli esami al termine delle attività formative.
5) Capacità di apprendere MODULO A : Gli studenti dovranno essere in grado di descrivere temi scientifici inerenti il corso. Tale abilità verrà sviluppata mediante il coinvolgimento attivo degli studenti attraverso discussioni orali in aula ed esperienze pratiche durante le ore dedicate alle esercitazioni pratiche.
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CARUSO Carla
( programma)
Modulo A Il Ciclo Cellulare (3 CFU) Strategia generale e fasi del ciclo cellulare: M, G1(G0), S e G2. Sistemi sperimentali per lo studio del ciclo cellulare: uova di Xenopus leavis, cellule di mammifero e lieviti. Regolazione MPF e SPF: cicline mitotiche e G1. Cdks e cicline nel ciclo cellulare dei mammiferi. Punti di controllo del ciclo cellulare. Retinoblastoma ereditario e spontaneo e ruolo di Rb nella regolazione del ciclo cellulare. DNA danneggiato da UV e ruolo di p53. Oncogeni e oncoproteine
Elementi di Ingegneria proteica (2 CFU) Espressione di proteine ricombinanti nei sistemi procariotici: principi ed applicazioni Espressione di proteine ricombinanti nei sistemi eucariotici: -Espressione in Saccharomyces cerevisiae e Pichia pastoris; -Espressione in piante.
Esercitazioni (1 CFU) • Digestione del plasmide pGEM-HEL e purificazione di HEL da gel di agarosio; • Quantificazione del gene HEL e subclonaggio nel vettore di espressione pGEX-4T; • Trasformazione di cellule competenti BL-21 con il plasmide GST-HEL; • Espressione della proteina ricombinante di fusione GST-HEL e analisi mediante SDS-PAGE della proteina ricombinante.
( testi)
Modulo A
LIBRI DI TESTO CONSIGLIATI Ciclo cellulare Capitoli selezionati dai seguenti libri: Murray A & Hunt T, The cell cycle, an introduction, Oxford University Press, New York. Alberts B, Johnson A, Lewis J, Morgan D, Raff M, Roberts K & Walter P, Biologia Molecolare della Cellula, Zanichelli, 2016 (VI Edizione) Harvey Lodish, A Berk, C.A. Kaiser, M. Krieger, M.P. Scott, A. Bretscher, P. Ploegh, Paul Matsudaira Biologia Molecolare della Cellula, Zanichelli, 2009 (III edizione)
Elementi di Ingegneria proteica Capitoli selezionati dai seguenti libri: Glick & Pasternak, Biotecnologia Molecolare, Zanichelli Primrose, Twyman & Old, Ingegneria Genetica, Zanichelli Watson, Caudy, Myers & Witkowski, DNA Ricombinante, Zanichelli 2008 (II Edizione) Brown, Biotecnologie molecolari, Zanichelli 2007
Il materiale didattico sarà disponibile sulla piattaforma Moodle
Gli studenti non frequentanti sono incoraggiati a contattare il docente per avere informazioni sul programma, sui materiali didattici e sulle modalità di valutazione del profitto.
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BIO/10
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Attività formative caratterizzanti
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ITA |
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TECNICHE BIOMOLECOLARI
(obiettivi)
L’insegnamento di BIOCHIMICA CELLULARE (MODULO A) E TECNICHE BIOMOLECOLARI (MODULO B) intende fornire agli studenti (i) conoscenze teoriche nell’ambito della biochimica cellulare, approfondendo i meccanismi che regolano il ciclo cellulare negli eucarioti, (ii) conoscenze teorico-pratiche in ingegneria proteica e conoscenze teorico-pratiche nell’ambito delle principali tecniche di biochimica e biologia molecolare applicate allo studio di geni e genomi, proteine e proteomi. Verranno affrontati approcci sperimentali, avvalendosi anche del supporto della bioinformatica, per affrontare temi complessi della biochimica e della biologia molecolare. Nel dettaglio, per il MODULO B gli obiettivi riguardano: Trasferire agli studenti competenze specifiche per la manipolazione di acidi nucleici e proteine e la relativa analisi (tecniche di mutagenesi e genome editing, proteomica differenziale), per l'analisi dei livelli di espressione genica (qPCR, microarrays, trascrittomica differenziale) e della regolazione dell’espressione dei geni (studio delle modifiche epigenetiche e delle interazioni proteina-DNA), per lo studio dei pathways metabolici mediante l’analisi delle interazioni proteina-proteina. Saranno inoltre illustrati gli avanzamenti nel campo del sequenziamento di interi genomi e l’applicazione delle tecniche biomolecolari in ambito medico-diagnostico. Verranno utilizzati tools bioinformatici per predizioni in silico di interazione fra biomolecole, o come complementari per l’utilizzo delle tecniche trattate (per preparazioni di input o analisi di output). Sono infine previste esercitazioni di laboratorio riguardanti tecniche per lo studio di acidi nucleici e proteine.
b) RISULTATI DI APPRENDIMENTO ATTESI per il MODULO B: 1) Conoscenza e capacità di comprensione: Al termine del corso gli studenti dovranno: MODULO B: Al termine del corso gli studenti dovranno aver acquisito conoscenza approfondita dei principi alla base delle tecniche biomolecolari impiegate nel campo della ricerca di base e nelle indagini medico-diagnostiche; conosceranno approfonditamente le tecniche molecolari e avanzate e i relativi tools bioinformatici di supporto ad esse; conosceranno l’importanza della validazione statistica dei risultati di un esperimento e dei controlli che rendono un esperimento scientificamente affidabile. 2) Conoscenza e capacità di comprensione applicate Al termine del corso gli studenti: MODULO B: Saranno in grado di utilizzare le conoscenze acquisite per valutare ed interpretare i risultati di un esperimento, individuarne le criticità e ottimizzarlo valutando il possibile impatto delle variazioni dei parametri in gioco; saranno in grado di orientarsi fra le principali metodologie qualitative e quantitative, per selezionare quella più idonea allo studio del problema biologico in esame; sapranno svolgere a livello pratico gli esperimenti affrontati durante le esercitazioni. 3) Autonomia di giudizio MODULO B: Gli studenti dovranno essere in grado di interpretare e discutere i lavori scientifici presentati durante il corso ed essere in grado di progettare ed esprimere nuove proteine con caratteristiche differenti. Gli studenti dovranno acquisire la capacità di comprendere e discutere criticamente i risultati sperimentali ottenuti in laboratorio ed utilizzarli come base di partenza per la pianificazione degli esperimenti successivi. 4) Abilità comunicative MODULO B: Gli studenti dovranno avere la capacità di trasmettere le conoscenze acquisite in modo chiaro e comprensibile, anche a persone non competenti, e dovranno dimostrare l’abilità di presentare l’informazione anche con schemi e formule. 5) Capacità di apprendere MODULO B: Gli studenti dovranno essere in grado di descrivere temi scientifici inerenti il corso. Tale abilità verrà sviluppata mediante il coinvolgimento attivo degli studenti attraverso discussioni orali in aula ed esperienze pratiche durante le ore dedicate alle esercitazioni pratiche.
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PROIETTI Silvia
( programma)
Parte Teorica (32 ore) Manipolazione acidi nucleici e proteine e relativa analisi: Isolamento di DNA, RNA e proteine da campioni biologici; esempi ed applicazioni. DIGE. Tecniche per l'analisi dell'espressione genica: Real-time PCR. Microarrays- analisi dati ed applicazioni. RNA-Seq. Analisi delle interazioni proteina-proteina: Far-Western, Pull-down, yeast-two/three hybrid assay, Co-Immunoprecipitazione, Tandem Affinity Purification (TAP) system, Phage Display, Bimolecular Fluorescent Complementation (BiFC), FRET. Analisi delle interazioni DNA/RNA-proteina: Saggio di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP e ChIP-on-chip). EMSA. Southwestern. DNA pull-down. PiCh. Yeast-three hybrid assay. Metodi per lo studio delle modifiche epigenetiche: Analisi della metilazione del DNA mediante Methylation-Sensitive Amplification Polymorphism (MSAP), Bisulfite (non methylation)-specific PCR e Methylation-specific PCR (MSP). ATAC-Seq. Analisi delle modifiche istoniche mediante ChIP. Tecniche di mutagenesi e genome editing: Metodi di mutagenesi sito-specifica, CRISPR-Cas9 System. Applicazioni della PCR in campo diagnostico. Next Generation Sequencing: piattaforme per il sequenziamento di seconda e terza generazione. Durante il corso verranno utilizzati tools bioinformatici per predizioni in silico di interazione fra biomolecole, o come complementari per l’utilizzo delle tecniche trattate (per preparazioni di input o analisi di output)
Parte Pratica (16 ore) Estrazione di RNA totale, RT-qPCR. Estrazione di DNA genomico. Analisi metilazione DNA. Estrazione proteine totali e saggi di interazione proteina-proteina.
( testi)
Amaldi F, Benedetti P, Pesole G, Plevani P. Tecniche e metodi per la biologia molecolare, ed 2020, Zanichelli. Brown T.A. Biotecnologie molecolari, principi e tecniche. Seconda ed., 2017, Zanichelli. Lesk A.M. Introduzione alla Genomica. Prima ed., 2009, Zanichelli.
Slides illustrate a lezione e disponibili sulla piattaforma didattica. Per le attività pratiche vengono fornite dispense dal docente. Gli studenti non frequentanti sono incoraggiati a contattare il docente per avere informazioni sul programma, sui materiali didattici e sulle modalità di valutazione del profitto.
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BIO/10
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Attività formative caratterizzanti
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ITA |
119000 -
LINGUA INGLESE B2
(obiettivi)
Il corso di lingua inglese si pone l'obiettivo di far familiarizzare gli studenti con le tecniche di scrittura in lingua inglese che presentano delle differenze rispettano allo scrivere in italiano e consentire quindi anche la produzione di documenti e/o saggi brevi utili al loro corso di studi. Il corso, quindi, si concentra su due delle quattro abilità linguistiche - writing and reading - senza tuttavia dimenticare listening and speaking. Per realizzare questi obiettivi, le lezioni sono condotte esclusivamente in lingua inglese. Ed è per tale ragione che le basi grammaticali della lingua e i suoi aspetti fonologici non vengono trascurati ma vengono analizzati ogni qual volta se ne presenti la necessità. L'obiettivo finale è il raggiungimento del livello B2 del Common European Framework of Reference (CEFR), adottato dal Consiglio di Europa per mezzo del quale lo studente: *Comprende le idee principali di testi complessi su argomenti sia concreti che astratti, comprese le discussioni tecniche sul suo campo di specializzazione. *E' in grado di interagire con una certa scioltezza e spontaneità che rendono possibile una interazione naturale con i parlanti nativi senza sforzo per l’interlocutore. *Sa produrre un testo chiaro e dettagliato su un’ampia gamma di argomenti e spiegare un punto di vista su un argomento fornendo i pro e i contro delle varie opzioni. Tali obiettivi vengono raggiunti sviluppando e consolidando le abilità linguistiche ma soprattutto applicazione la conoscenza linguistica che si va man mano acquisendo. Particolare attenzione viene posta al testo e al contesto e vengono effettuate analisi di testi per l'individuazione del lessico specifico e pertinente, del registro da utilizzare e della modalità di stesura di un saggio. Agli studenti vengono sottoposti testi di vari contenuti ma con un focus sulle tematiche scientifiche, oggetto del loro corso di studi e audio per sviluppare l'abilità di comprensione orale; inoltre, ad ogni lezione, gli studenti devono relazionare su argomenti di loro interesse attraverso presentazioni Power Point.
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HOBSON Julie anne
( programma)
Oltre a testi di inglese generale, gli studenti leggeranno e discuteranno testi di interesse nel loro campo scientifico specifico e prepareranno regolarmente presentazioni orali sul loro campo di studio. Queste abilità miglioreranno la loro conoscenza generale dell'inglese, ma anche la loro capacità lessicale e grammaticale tecnica specializzata, e daranno loro fiducia nella preparazione di presentazioni scientifiche per i loro studi e la loro carriera futuri.
( testi)
Risorse di National Geographic Life English per studenti di livello B2 Materiale dell'insegnante Articoli scientifici
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Ulteriori attività formative (art.10, comma 5, lettera d)
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ITA |