BIOINFORMATICA I
(obiettivi)
Il corso ha come finalità quella di introdurre e formare gli studenti in diversi settori della Bioinformatica, con particolare attenzione alla conoscenza di tools innovativi utilizzati a supporto di indagini in ambito biologico. In dettaglio, gli obiettivi formativi riguardano: 1) Conoscenze di base sulle banche dati biologiche 2) Interrogazione di banche dati biologiche in maniera programmatica (esempi di interrogazione programmatica delle diverse banche dati dell’NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/ , attraverso l’uso di API- application programming interface). 3) Algoritmi di allineamento a coppie di sequenze nucleotidiche e amminoacidiche; 4) Matrici di sostituzione; 5) Algoritmi euristici di allineamento locale di sequenze contro banche dati di sequenze. 6) Algoritmi di allineamento multiplo di sequenze 7) Metodi per la costruzione di alberi filogenetici 8) Metodi di ricerca in banca dati attraverso allineamenti multipli di sequenze 9) Algoritmi di predizione della struttura dell'RNA 10) Algoritmi di predizione di struttura secondaria delle proteine 11) Metodi per il confronto tra strutture di proteine 12) Algoritmi classici per la predizione del folding delle proteine 13) Algoritmi per la predizione del folding delle proteine, basati sul machine learning
RISULTATI DI APPRENDIMENTO ATTESI:
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE. Gli studenti dovranno mostrare di aver appreso argomenti di bioinformatica previsti dal corso, ovvero: acquisizione dei principi base di bioinformatica, di come vengono progettate, gestite e popolate le banche dati biologiche, di come vengono effettuate ricerche di similarità di sequenza e allineamenti di sequenze singole o multiple, come si eseguono analisi evolutive di dati di sequenze mediante allineamenti multipli e costruzione di alberi filogenetici, come si eseguono predizioni di struttura secondaria e terziaria delle proteine.
CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE. Gli studenti dovranno avere una comprensione degli approcci computazionali discussi a lezione tale da essere in grado di applicare gli stessi a problemi biologici specifici.
AUTONOMIA DI GIUDIZIO. Gli studenti dovranno essere in grado di interpretare criticamente i risultati ottenuti attraverso i tools bioinformatici discussi a lezione, nonché scegliere quelli più adatti per arrivare ad un determinato obiettivo.
ABILITA’ COMUNICATIVE. Gli studenti dovranno avere la capacità di trasmettere le conoscenze acquisite in modo chiaro e comprensibile, anche a persone non competenti, e dovranno dimostrare l’abilità di presentare l’informazione acquisita.
CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO. Gli studenti dovranno essere in grado di descrivere i vari argomenti della Bioinformatica, in forma orale. Tale abilità verrà sviluppata mediante il coinvolgimento attivo attraverso discussioni orali in aula ed esercitazioni svolte nell’ aula informatica su temi specifici inerenti il corso.
|