Docente
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TIMPERIO Anna Maria
(programma)
CONTENUTI DEL CORSO - Definizione di scienze "omiche" Descrizione del programma e delle modalità dell'esame Norme di sicurezza da adottare nei laboratori scientifici - Proteomica definizione: Proteomica di espressione e funzionale, strategie di analisi proteomica. Elettroforesi nativa (BLUE-NATIVE gel), mono e bi-dimensionali (1D-GEL, 2D-GEL) Iso-elettro-focusing (IEF) Cromatografia a fase inversa RP-HPLC - Applicazioni della proteomica per lo studio di cellule tumorali e per la diagnosi precoce per la presenza di biomarcatori (esempi) - Laboratorio 1 Estrazione proteica da materiale da definire Determinazione della concentrazione proteica (metodo Brendford) Uso dello spettrofotometro - Laboratorio 2 Elettroforesi mono dimensionale (1D-SDS-PAGE) Taglio delle bande dal gel e digestione in tripsina (Label Free) - Laboratorio 3 HPLC a fase inversa: costruzione di un gradiente Determinazione della pendenza e studio del cromatogramma - Metabolomica definizione: Tecniche di preparazione dei campioni per l’analisi del metaboloma. Metodi cromatografici e di spettrometria di massa utilizzati per caratterizzare metaboliti aventi funzione di biomarker Esempi di studi di metabolomica in ricerche cliniche: Applicazione della metabolomica nello studio dell autismo - Lipidomica definizione principali lipidi e lodo determinazione in spettrometria di massa determinazione dei lipidi di membrane di globuli rossi - Foodomica definizione. determinazione di flavonoidi, vitamine in alimenti -Laboratorio 3 Estrazione dei metaboliti secondo il metodo di (Bligh & Dyer) - Spettrometria di Massa :Generalità Principali sorgenti, analizzatori e detector Analisi di proteine, peptidi, metaboliti, lipidi in massa intatta Massa tandem: significato e scopi - Laboratorio 4 Determinazione della massa intatta di una proteina Determinazione della sequenza amino-acidica con spettrometria di massa (nanoESI-TRAP) Determinazione dei principali classi lipidiche in spettrometria ORBITRAP Determinazione dei flavonoidi in spettrometria MALDI TOF Statistica: Normalizzazione ed equalizzazione, missing values. o Probabilità e ipotesi nulla o Statistica descrittiva Programmi e siti web per l’identificazione delle proteine, metaboliti e lipidi. o Database di sequenze (MAVEN, SEQUEST, MASCOT, LIPID SEARCH, LIPID GATWAY,N e METABOANALYST) o Algoritmi per il “de novo sequencing” software PEAKS. Riduzione della complessità: • Frazionamento subcellulare o Lisi delle cellule e omogeneizzazione dei tessuti o Separazione delle frazioni subcellulari o Proteomica, metabolomica e lipidomica delle membrana o Proteomica, metabolomica, lipidomica degli organelli e dei compartimenti intracellulari Immunoprecipitazione • Immunoprecipitazione per ridurre la complessità di un campione per la spettrometria di massa • Proteomica Funzionale e Immunoprecipitazione Systems biology • Reti di proteine e meta-analisi o Elementi di topologia dei grafi o Costruzione di una rete di proteine (grafo non direzionale). o Validazione statistica di una rete di proteine o Analisi di sovra-rappresentazione o Analisi gerarchica di dati proteomici (grafi direzionali). o Meta-analisi • Classificazione ontologica e di pathway o Gene ontology (GO) o Struttura di GO o Tipi di annotazioni in GO o Navigazione nelle ontologie: Quick GO e altri browser GO o Classificazione ontologiche e di pathway: applicazioni specifiche
(testi)
Le diapositive in power point mostrate a lezione dal docente verranno fornite in formato PDF. I libri o gli articoli in rivista da cui sono tratti alcuni argomenti specifici verranno indicati dal docente nel corso della lezione.
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