Docente
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TIMPERIO Anna Maria
(programma)
Introduzione: Scienze “omiche” e biologia dei sistemi complessi. La rivoluzione dell'ipotesi a posteriori e la ricerca di nuove ipotesi. Cosa sono le scienze “omiche”?. Dalle proteine alla proteomica, dai metaboliti alla metabolomica e dai lipidi alla lipidomica. Relazione tra la proteomica e le altre scienze post-genomiche. Piattaforme tecnologiche: Preparazione del campione (piante, batteri, animali): preparazione dell’estratto proteico per analisi DIGE, linee generali di preparazione dei campioni per analisi LC-MS. Analisi dell’espressione proteica, di metaboliti e di lipidi mediante tecniche elettroforetiche Applicazioni dell’ SDS-PAGE e dell’IEF alla proteomica, metabolomica e lipidomica. DIfferential Gel Electrophoresis (DIGE), 2D-DIGE a saturazione Elettroforesi capillare (CE), elettroforesi bidimensionale (2DE). Applicazioni della 2-DE in proteomica: limiti e prospettive. Elettroforesi Blu Nativa su gel di poliacrilammide (Blue Native PAGE). Clear Native PAGE (CN-PAGE). Elettroforesi ‘gel free’ Elettroforesi su acetato di cellulosa Metodi di rivelazione post analisi: Colorazione inversa, Coloranti fluorescenti, Analisi d’immagine per tecnologie multiplexing Metodi di rivelazione di modifiche post-traduzionali in spettrometria di massa: Glicosilazione, Fosforilazione, Nitrazione, Carbonilazione Analisi dell’espressione proteica mediante tecniche cromatografiche: Approccio proteomico Bottom-up Approccio proteomico Middle-down Approccio proteomico top-down Separazioni multidimensionali Spettrometria di massa: introduzione e concetti di risoluzione ed accuratezza Le sorgenti più impiegate in ambito proteomico: MALDI, ESI Le sorgenti più impiegate in campo metabolomico: EI Le sorgenti più impiegate in campo lipidomico: ESI, MALDI Gli analizzatori: quadrupolari, TOF, e trappole ionica, ORBITRAP, ibridi La spettrometria di massa tandem (MS\MS) Metodi quantitativi: sistemi di cromatografia liquida (LC) a fase inversa (RP) accoppiata ad analisi di spettrometria di massa. Strategie di quantificazione relativa basate sulla marcatura con isotopi stabili (iTRAQ, SILAC spike-in, Super-SILAC e organismi SILAC, ICAT, O18) Strategie di quantificazione relativa senza marcatura (metodiche “label-free”: intensity-based e spectral-counting, calcolo del PAI e dell’emPAI). Proteomica , metabolomica e lipidomica quantitativa mirata: SRM Tecniche accoppiate: GC-MS, EC-MS, LC-MS\MS, MudPIT Anna Maria Timperio
(testi)
Non essendo ancora in commercio un testo specifico, l'insegnante avrà cura di segnalare articoli e riviste opportune nel corso dell'anno.
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