Docente
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TIMPERIO Anna Maria
(programma)
PRINCIPI DI SCIENZE “OMICHE” Introduzione: • Scienze “omiche” e biologia dei sistemi complessi. • La rivoluzione dell'ipotesi a posteriori e la ricerca di nuove ipotesi. • Cosa sono le scienze “omiche”?. • Dalle proteine alla proteomica, dai metaboliti alla metabolomica e dai lipidi alla lipidomica. • Relazione tra la proteomica e le altre scienze post-genomiche. Piattaforme tecnologiche: • Preparazione del campione (piante, batteri, animali): preparazione dell’estratto proteico per analisi DIGE, linee generali di preparazione dei campioni per analisi LC-MS. • Analisi dell’espressione proteica, di metaboliti e di lipidi mediante tecniche elettroforetiche o Applicazioni dell’ SDS-PAGE e dell’IEF alla proteomica, metabolomica e lipidomica. o DIfferential Gel Electrophoresis (DIGE), 2D-DIGE a saturazione o Elettroforesi capillare (CE), elettroforesi bidimensionale (2DE). o Applicazioni della 2-DE in proteomica: limiti e prospettive. o Elettroforesi Blu Nativa su gel di poliacrilammide (Blue Native PAGE). o Clear Native PAGE (CN-PAGE). o Elettroforesi ‘gel free’ o Elettroforesi su acetato di cellulosa • Metodi di rivelazione post analisi: Colorazione inversa, Coloranti fluorescenti, Analisi d’immagine per tecnologie multiplexing • Metodi di rivelazione di modifiche post-traduzionali in spettrometria di massa: o Glicosilazione, Fosforilazione, Nitrazione, Carbonilazione • Analisi dell’espressione proteica mediante tecniche cromatografiche: o Approccio proteomico Bottom-up o Approccio proteomico Middle-down o Approccio proteomico top-down o Separazioni multidimensionali • Spettrometria di massa: introduzione e concetti di risoluzione ed accuratezza o Le sorgenti più impiegate in ambito proteomico: MALDI, ESI o Le sorgenti più impiegate in campo metabolomico: EI o Le sorgenti più impiegate in campo lipidomico: ESI, MALDI o Gli analizzatori: quadrupolari, TOF, e trappole ionica, ORBITRAP, ibridi • La spettrometria di massa tandem (MS\MS) Metodi quantitativi: sistemi di cromatografia liquida (LC) a fase inversa (RP) accoppiata ad analisi di spettrometria di massa. o Strategie di quantificazione relativa basate sulla marcatura con isotopi stabili (iTRAQ, SILAC spike-in, Super-SILAC e organismi SILAC, ICAT, O18) o Strategie di quantificazione relativa senza marcatura (metodiche “label-free”: intensity-based e spectral-counting, calcolo del PAI e dell’emPAI). o Proteomica , metabolomica e lipidomica quantitativa mirata: SRM Tecniche accoppiate: GC-MS, EC-MS, LC-MS\MS, MudPIT
Anna Maria Timperio
(testi)
T. Alberio, M. Fasano, P. Roncada "PROTEOMICA" EdiSES; I. Lavagnini, F. Magno, R. Seraglia e P. Traldi "Quantitative Applications of Mass Spectrometry (English Edition)" WILEY.
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