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Docente
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CASTRIGNANO' TIZIANA
(programma)
Il seguente corso e’ incentrato sullo studio delle tecnologie necessarie per trasformare e manipolare dati biologici. In particolare è focalizzato sugli strumenti che permettono l’analisi di grandi set di dati di sequenziamento con lo scopo di ottenere risultati biologici riproducibili e robusti. Per questo motivo 2 crediti del corso sono dedicati all'introduzione dell’ambiente linux e degli strumenti con esso inclusi per la manipolazione dei dati. La seconda metà del corso (i rimanenti 2 crediti) e’ dedicata ai fondamenti della programmazione illustrati mediante il linguaggio python ed applicati all'analisi delle sequenze.
Linux:
- Impostazione e gestione di un progetto di bioinformatica in ambiente linux
- Directory di progetto e strutture di directory
- Perché utilizziamo Linux in bioinformatica? Modularità e
la filosofia di Linux
- Le variabili d’ambiente
- Lavorare con i flussi e il reindirizzamento
- Gestire e interagire con i processi
- Lavorare con macchine remote
- Recupero di dati bioinformatici
- Compressione dei dati e utilizzo dei dati compressi
- Quando utilizzare le pipeline unix
- Ispezionare e manipolare dei dati con gli strumenti linux
- Un'introduzione agli intervalli genomici
- Lavorare con i dati di sequenza
- Script di base di Bash
Python:
- Installazione di Python
- Operatori aritmetici
- Tipi di dati (numerici, booleani, set, dizionari, sequenze)
- Variabili, espressioni, istruzioni
- Istruzioni di controllo (if, while, for, break, continue)
- Le funzioni
- Le librerie biopython
(testi)
Materiale didattico fornito dal docente.
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